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conda

检测安装的 conda 版本​

conda --version

Conda 会返回你安装 Anaconda 软件的版本。

升级当前版本 conda​

conda update conda

更新所有​

conda update --all

更新 conda 到最新版本之后，利用 conda 进行环境管理

创建一个新环境：​

conda create -n python3
conda create --name python3

创建环境的同时安装一些包​

conda create -n transcriptome samtools multiqc rseqc

激活新环境：​

conda activate python3

列出所有的环境：​

conda info --envs
conda env list

会列出所有的环境，当前环境前面有 * 符号

切换环境：​

source activate base

返回原环境：​

source deactivate

给新环境安装 Python3：​

conda create -n python3 python=3

检查环境内的 Python 版本：​

python --version

检查环境内的包：​

conda list

查找一个包是否能够安装：​

conda search beautifulsoup4

告知安装环境的名字并安装这个包：​

conda install --name base beautifulsoup4

移除安装的包，必须告知移除包的环境：​

conda remove -n base beautifulsoup4

移除一个环境：​

conda remove -n python3 --all

显示已有的通道​

conda config --get channels

添加通道​

conda config --add channels r
conda config --add channels defaults
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
# Anocanda 清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/cond-forge
# 清华通道, 最高优先级
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

注意通道的顺序是会影响 solving environment 和软件包下载的速度的。

conda 通道的配置文件一般在 ~/.condarc 里面，内容如下。全局控制 conda 的安装在 conda_path/.condarc，具体操作见：

https://conda.io/docs/user-guide/configuration/admin-multi-user-install.html

channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/cond-forge
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ # Anocanda清华镜像
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
  - bioconda
  - conda-forge
  - r

参考​